
Le operazioni di volo si svolsero brillantemente per tutta la durata della missione comprese le attività di sorvolo lunare e di ripresa fotografica fino al rientro in orbita terrestre. Tuttavia, nella fase di atterraggio, quando il successo sembrava ormai garantito, un'avaria al sistema di pressurizzazione della cabina e un successivo guasto al sistema del paracadute chiusero la missione con un incidente che fece precipitare la capsula a terra.
Nonostante le imperfezioni nella fase conclusiva del viaggio e il disastro finale, tra cui la morte di tutti gli esseri viventi trasportati a bordo, la propaganda sovietica dichiarò Zond 6 un esperimento di grande successo.
Per il mese di dicembre del 1968 il programma spaziale sovietico intendeva riuscire a compiere il primo sorvolo della Luna con un equipaggio umano cercando di battere gli americani che stavano al tempo preparando lo stesso tipo di missione.